ראשית, לפני הפעלת הציוד החדש, או לאחר שיפוץ גדול של הציוד, המערכת ההידראולית מזוהמת בהכרח. למרות שיצרני רכיבים הידראוליים מקדישים תשומת לב רבה לניקוי הפנימי של הרכיבים עצמם, רכיבים חדשים עדיין עשויים להכיל מזהמים כמו כתמים, שבבים, קצוות הבזק, אבק, סיגי ריתוך וצבע.
שנית, רכיבים הידראוליים עלולים לגרום לזיהום עקב אחסון וטיפול לקויים. בתהליך הייצור של המיכל עלולים להצטבר חלודה, צבע ואבק, ולמרות שהמיכל עובר ניקוי לפני השימוש, קשה לראות מזהמים רבים בעין בלתי מזוינת. ניתן להחדיר מזהמים למערכת במהלך התקנת צינורות, צינורות ואביזרים.
שלוש, הנפט החדש יכיל כמה מזהמים בלתי צפויים. יש לנקוט באמצעים לסינון מזהמים בהקדם האפשרי, אחרת עלול להתרחש תקלה זמן קצר לאחר הפעלת הציוד, והכשל המוקדם הוא לרוב חמור מאוד, חלק מהרכיבים כגון משאבות שמן הידראוליות, מנועים הידראוליים עלולים לגרום לנזק קטלני.
